中心的日常运行经费主要源于学校和学院两级,中心专项经费、实验材料经费由学校划拨,每年15万元。
另外,学校还设立了教学实验室建设经费、实验技术研究经费、教学研究经费等。经费分别由教务处、实验室设备处负责管理,中心教师每年向教务处、实验室设备处提出申请,通过立项的形式支持实验室的设备更新与补充、实验教学改革研究、实验教材出版、小型仪器设备的研制和开发、实验教学多媒体课件制作、虚拟实验建设等。
实验中心的设备维修费用,学校采取实报实销的政策,从制度和措施上保证了仪器设备的正常运行。